此时正逢地理大发现，欧洲强权纷纷前来东亚贸易，并建立殖民地。而荷兰人为建立能与中国明朝、日本贸易的据点，遂于1624年在台湾南部建立了热兰遮城。在荷兰人于台湾建立据点以前，台湾本岛仍未有严格定义的汉人移民聚落。虽然当时明朝已在澎湖群岛建立巡检机构，但是尚未将触角深入台湾本岛的原因，大致有下列几项：
当时倭寇海贼频繁侵袭中国沿岸，因此官府长期封锁海岸。
原住民对外来者的抗拒，经常发生械斗，导致汉人移民垦荒艰辛，愿意从中国移居台湾者较少。
部落社会生产力低，无法吸收大量人口，故移民人数十分有限[3]。
台湾天灾频率多过中国内陆，及台湾海峡湍急阻碍横渡。
在原住民的统治方面，起先荷兰人以发展贸易为重，与原住民接触并建立了初步的贸易关系。等到1635年起，荷兰当局对外贸易开始稳定，才发起征服行动，与高雄附近的麻豆社原住民部落订定麻豆协约，确立荷兰人为该地区领主、原住民为封臣的封建关系[4]。荷兰人透过定期召开的地方会议（荷兰语：landdag），维系双方的封建关系，并任命原住民首长，确立原住民社会的正式领袖[注 2]，以协助荷兰人推行政令。透过地方会议，荷兰人也将原本以个别或多个村社为政治实体、彼此攻伐的原住民部落，统合成互相联盟的联合村（荷兰语：Verenigde Dorpen），置于荷兰主权之下[6]。荷兰人便借由攻击联合村的敌对部落，让原住民出草，使得双方的关系更为紧密[7][注 3]。
1640年代以后，台湾南部沿海殖民地的行政支出不断的暴涨，收入也逐渐从转口贸易转移到本地税收[8]。为此，荷兰人开始新增各种税收，加上1650年后许多农民赖以维生的甘蔗业开始衰退，汉人对于荷兰人的统治越来越不满，引爆了郭怀一事件。事件平息之后，荷兰人并没有更改整个殖民地的结构，依然以剥削汉人劳力为经济发展基础[9]。之后郑成功崛起于福建沿海，为荷兰人创建的荷汉殖民地带来新的变数，郑成功于1661年进攻台湾，翌年荷兰人为其所击败，退出台湾南部沿海殖民地。
史前台湾
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主条目：台湾史前时期
台湾原有南岛民族系原住民的存在，这些使用南岛语系的台湾原住民族群分布于台湾全岛。南岛语族主要分布范围北到台湾，南至纽西兰，东到复活节岛，西至马达加斯加[10]。他们虽然同属南岛马来民系，但是并非同一部落。这些原住民族各有不同的语言与风俗习惯，构成独立而不相隶属的部落社会。由于不同的语言、风俗习惯、居住区，这些原住民族可能是在不同时间，从不同地方搬迁而来。因为分成许多族群，原住民族在台湾始终未能建立统一全台的政权，仅有些地方部落联盟（荷兰当局曾将台湾各地划分为十一个政治实体），如台中附近的大肚王国和恒春半岛上的琅峤君主。
由于适当的地理位置，台湾成为倭寇或海盗的整补地及避风港。倭寇或海盗在明帝国沿海劫掠，遇到官兵追击，就逃至澎湖群岛，然后再到台湾。官兵虽会追至澎湖，但甚少穷追到台湾（明将只有沈有容曾跨海追至安平，并“尽歼群倭”）。关于当时台湾的情景，学者多参考《东番记》，为最早对于台湾的相关记载。
航海时代
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台湾历史、台湾历史年表
史前时期
荷治 1624－1662
西治1626－1642
原住民政权及部落 －1933
明郑时期 1661－1683
清治时期 1683－1895
日治时期 1895－1945
战后时期 1945 迄今
其他政权
时期分类宋治澎湖 · 元治澎湖 · 明治澎湖 · 法占澎湖 · 荷治鸡笼[锚点失效]
原住民政权与部落大肚王国 · 鲁富都 · 蛤仔兰 · 卑马巴 · 大龟文 · 加禄堂社 · 崩山八社 · 普卡尔 · 斯卡罗 · 淡水国 · 鸡笼国
势力名分类
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查论编
16世纪，基督教世界的西欧国家困于鄂图曼土耳其帝国的陆路封锁，积极向外扩张势力，开辟往东亚的新贸易航路，因而发现美洲新大陆、好望角新航路，进而缩短了亚洲与欧洲的距离，世界从此进入海权时代。西欧各国竞相到世界各地从事探险、殖民、贸易、传教活动。在海权争霸的国际环境下，台湾被迫走入新的历史时期。
1543年，葡萄牙船只在经过台湾海峡时，有个船员偶然遥望，发现一个青葱翠绿的海岛，禁不住喊出“Ilha Formosa（葡萄牙语：美丽岛）”，就这样，这个“福尔摩沙”（Formosa），就成了西方世界对台湾这个岛屿的称呼[11]。然而，葡萄牙人虽是最早抵达东亚的欧洲探险者，但是与台湾之间仅止于用鸦片与银元交换台湾原住民的物品，并不打算进一步殖民。
17世纪初，西方重商主义国家也开始注意台湾。此时远东海面已成为欧洲三国角逐的形势：租得明帝国之澳门的葡萄牙王国、殖民菲律宾吕宋岛的西班牙帝国、占据爪哇的荷兰联省共和国，在远东海面展开商业和殖民的竞争。西欧势力东移的同一时期，正值明帝国政府结束了郑和“七下西洋”的行动，逐渐关闭起国门对外实行海禁政策时期，倭寇及海盗（或称为拥有武装的“海商集团”）因走私贸易利润丰厚，而在明帝国东南沿海一带积极活动，甚至公然挑战明帝国的统治权威。
前来东亚
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热兰遮城复原模型
荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司，发动一连串战争，以夺取西葡联邦于东亚的殖民地。后来荷兰人在雅加达、安汶、平户等地陆续开设商馆，惟与中国贸易进展不顺。1604年，韦麻郎打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，占领澎湖。但明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。
1622年，扬·彼得斯佐恩·库恩总督获知西班牙人意图占领台湾，遂派雷约生（荷兰语：Cornelis Reijersen, c.1590 - 1632）率领600人进攻澳门，若失败则转往澎湖或台湾设立贸易据点。只是葡荷澳门战役荷军遭葡萄牙军顽强抵抗，损失惨重，雷约生遂转占澎湖，并在风柜尾筑城[12]。雷约生到福州见福建巡抚商周祚，希望与中国贸易。商周祚私下答应雷约生，只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易，但双方一直无法取得共识。
1624年南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战、雷约生多次请辞，荷兰东印度公司派马丁努斯·宋克来接应，而明朝从四千人增兵到一万人。经李旦介入协调以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和炮台，转进至不属于中国版图的台湾岛，明朝亦不干涉荷兰对台湾的占领。[13]李旦之所以积极介入，原因之一是为了解除荷兰人占据澎湖后，不准中国商船到马尼拉贸易的困境。[14]
1624年8月26日，荷军撤出澎湖转往台湾。荷兰东印度公司乃于不受明朝政府管辖的福尔摩沙（今台湾）大员（今台南市安平区），建立台湾本岛信史上第一个统治政权。
根据中央研究院院士杜正胜与曹永和的研究：“明朝虽实施海禁，但台湾不只明朝不管，甚至也不属任何国家管辖，所以走私船早在当时就在基隆、安平与淡水会合明朝、日本与西班牙、葡萄牙与荷兰的商船。...根据荷兰史料，当时东印度公司指挥官莱尔森于1622年到福州谈判，明朝官员为了劝诱他们撤出澎湖，建议他们到澎湖以东，一座不属于明朝的岛屿，也就是台湾，间接同意明朝船只到大员（今安平）与之通商。...当时明朝官员向莱尔森说：“你不知道大员怎么去，我们派船带你去”。这段史料，显见明朝福建官员知道台湾，但不以台湾当作属地。而同样年代，明代的史料记载的是，官员软硬兼施，并请海商李旦居中协调，荷兰的新任长官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘热兰遮城号商船，来到大员上岸，宋克也成为荷兰建立台湾政权的首任长官，他也在大员建立热兰遮城。[15]
1624年8月底来到台湾的宋克首先在北汕尾（今台南四草鹿耳门一带）建立简易的商馆，并在大员一鲲鯓（今台南安平区）筑热兰遮城，以此作为统治台湾的中心，成为第一任台湾长官，并在次年1625年1月20日向新港社以15匹花布买或租下赤崁的土地，兴建普罗民遮市街以安置来台贸易的汉人及日本人。这是台湾跃上国际舞台的开始，也为外来政权占领的开始[16]。
稳固地位
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主条目：荷兰在台湾之平定行动
《大员港市鸟瞰图》，藏于荷兰米德尔堡哲乌斯博物馆（Zeeuws Museum（荷兰语：Zeeuws Museum））
在台江内海附近的平原上，有四个主要的西拉雅村庄，分别为新港社、萧垅社、麻豆社、目加溜湾社。荷兰人与新港社结盟，但是新港社系其中最弱小的村庄，经常会被最强大的村庄——麻豆社所攻击。虽然荷兰人数次支援新港社对抗麻豆社，1629年却爆发了麻豆溪事件，彻底打击荷兰人的威望[17]。当时大员当局的士兵还不到400人，无法战胜麻豆社，加上受到滨田弥兵卫事件波及，对外贸易受挫，让巴达维亚当局不愿增援[18]。1630年，大员当局只得先进攻麻豆社的同盟村——目加溜湾社，并和麻豆社暂时休兵。
到了1635年9月，巴达维亚当局同意增援台湾；同时萧垅社、麻豆社爆发了瘟疫，村内不少勇士都染病而死[19]。大员当局认为这是好时机，联合新港社于11月23日攻入麻豆社，并签订麻豆协约，又于圣诞节之役击败塔加拉扬社（Taccariang，约在今高雄一带）。荷军乘战胜的馀威，击败了其他敌对村庄，如萧垅社、小琉球社等等，其他南台湾的部落也陆续臣服。这一连串的胜利确立了荷兰人的威势，到1636年底，共有57座原住民村庄服从荷兰人[20]。
荷兰盛世
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1636年起，因赤崁附近的鹿群大量减少，大员当局遂开放汉人前往北边捕鹿。此时虎尾垅社是有名的梅花鹿栖息地，不少汉人走私团体居住于此，并和原住民从事鹿皮交易。虎尾垅汉人为了排除新来汉人的竞争，便联合虎尾垅原住民反抗荷兰人，并杀害前来捕鹿的汉人[21]。大员当局分别于1637年及1638年进攻虎尾垅，不过虎尾垅社依然敌视大员当局，甚至杀死了3位荷兰人[22]。1642年，荷军进攻虎尾垅社，杀死了之前袭击荷兰人的30人，自此之后虎尾垅社不再反抗。此后，大员当局有鉴于虎尾垅社的敌意出自汉人煽动，遂禁止汉人定居于原住民部落，并要求原住民搜补非法居住的汉人[23]。
参见：鸡笼之战和大肚王国
荷兰占领南台湾后，西班牙人亦占领北台湾，开启其统治。然而1637年起，西班牙人开始削减在台军力，并从淡水撤出。时任总督的安东尼·范·迪门探悉此消息以后，乃于1642年派舰攻占鸡笼，赶走了西班牙人。荷兰人征服北台湾后，目标转为完全征服西部平原的原住民，以连通台湾南北的道路。1644年，荷军征服北台湾其馀不肯服从的部落，并南下打通陆路。荷军在路上为隶属大肚王国的水里社及半线社所攻击，不过仍顺利抵达大员[24]。1645年1月，荷军进攻大肚王国内的反荷部落，大肚王国只得于4月正式降服[24]，至此全西部平原皆服从荷兰人的统治。
统治结束
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主条目：郭怀一事件、郑成功攻台之役和清荷联军
自1650年起，郑成功于福建沿海崛起，为了筹措和清朝抗衡的军费，他派遣大量商船前往日本及东南亚贸易，与荷兰人竞争。1652年爆发郭怀一事件，因为起事规模过大，就有传言郑成功在暗中操纵[25]。虽然荷兰人判断只是谣言[26]，仍然很担心郑成功的威胁。荷兰人为了打击郑成功，开始在海上扣押郑氏商船，郑成功则禁止双边贸易作为报复[27]。
1657年，揆一派何斌和郑成功交涉，虽然郑成功答应恢复通商，何斌却暗中替郑成功在台湾征税[28]，直到1659年大员当局发现此事，何斌便向郑成功倒戈。何斌逃亡让台湾西南部陷入动荡，到处都谣传郑成功即将进攻，一些汉人开始收拾财产，打算携带家眷返回中国大陆[29]。1661年，郑成功进攻台湾，很快就拿下普罗民遮城，并包围热兰遮城。1662年，郑军夺下大员的制高点—乌特勒支碉堡，揆一自知已无力再战，向郑成功投降，并退出台湾。
荷兰人撤离台湾后，遂打算和大清帝国合作对付郑氏王朝。1663年清荷联军进攻金门、厦门，郑成功的继承者郑经寡不敌众，退守铜山。荷军虽然得胜，但清军却未协助进攻台湾，让荷兰人的期望落空。
1664年，荷兰人出兵占领鸡笼，并于此地发展贸易，郑军随后也于1665年进驻淡水，与荷军对峙。然而鸡笼不但补给困难，清国更扩大严格实施海禁，与清国的贸易也始终无进展，1667年东印度议会以损失荷兰盾八万元为由，裁决撤出鸡笼，翌年7月将所有公司职员接回荷属东印度的巴达维亚，自此荷兰人彻底放弃占领台湾。